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上篇文章中我们对mRNA的序列进行了深度的解析,包括mRNA的组成元件:5'帽结构(Cap)、5'非翻译区(UTR)、编码区(CDS)、3'非翻译区(UTR)和poly(A)尾巴。同时,我们汇总了通用的mRNA序列优化策略,以获得结构稳定、翻译效率高的mRNA序列。点击链接即可查看详情:【耀文解读】深度解析mRNA序列元件:Cap, CDS, UTR, polyA
mRNA 原液生产工艺大致可分为 3个单元:体外转录(IVT)、mRNA 纯化、除菌过滤。

图1: mRNA生产路线图
一、mRNA原液生产
以线性化质粒为模板,通过体外转录(IVT)能够高效合成1~10 kb长度的mRNA。出于高特异性和转录活性的考虑,mRNA工艺生产中最常用的RNA聚合酶是源自T7噬菌体的RNA聚合酶。RNA聚合酶来源除T7噬菌体外,还有T3噬菌体和SP6噬菌体。不同来源、不同类型的RNA聚合酶识别的启动子序列是不同的。T7 RNA聚合酶识别T7启动子序列,启动转录反应。最广泛使用的T7启动子序列为TAATACGACTCACTATA。质粒序列设计时,mRNA的5’端序列5'UTR位于T7启动子序列后面。
IVT反应体系通常由转录缓冲液、线性化质粒模板、4种类型的三磷酸核糖核苷酸(含修饰核苷酸)、RNA聚合酶、焦磷酸酶与RNase抑制剂组成。共转录加帽策略中,还需在IVT体系中添加帽类似物。转录缓冲液包含Tris-HCL缓冲液、醋酸镁、二硫苏糖醇(DTT)、亚精胺以及Triton-X100等组分。
IVT工艺需考察的一个重要指标是mRNA的产量。不同成分及其浓度可能影响mRNA的产量,过低或者过高的镁离子浓度会抑制 mRNA 的合成。类似地,IVT 体系中过高或者过低的 NTP 也会严重抑制 mRNA 生成。有研究报道,组合优化NTPs浓度和镁离子浓度,可以得到较高的mRNA产量。一般情况下,在一定的浓度范围内,随着质粒模板量的增加,特定时间点的mRNA 产量有所增加。但是,质粒浓度增加并不会提升 mRNA 的终产量,只是会加快 mRNA的合成速率。造成以上现象的原因是,mRNA的合成是以质粒作为模板,模板含量决定了特定时间内的 mRNA 产量,但不会影响无限合成时间内的mRNA终产量。
图2: IVT过程dsRNA形成的2种机制

图3: 用于IVT的不锈钢反应器和一次性反应器
mRNA纯化即去除IVT反应液中的杂质,得到一定纯度的mRNA原液。

图4: IVT反应液中的工艺相关残留和产品相关残留
基于mRNA产物与反应液中各种残留物质的理化性质差异,比如电荷性、分子量、疏水性等设计纯化方案,以去除目标杂质,即可得到高纯度的mRNA。在目前已经公开的方法中,IVT反应后添加DNase去除DNA,后续的常规工艺路线为:TFF1+层析纯化+TFF2。
第一次进行切向流过滤(TFF)的目的是换液,将mRNA从IVT反应液中置换到目标缓冲液中,例如纯水。这一过程我们选择适当的中空纤维孔径截留mRNA分子,酶、缓冲液成分、核苷酸、帽类似物等成分流穿。有专利建议,选择纯水稀释倍数为10。也就是说,如果IVT反应液体外为110L,那么需要用纯水将其稀释到1100L,再将其回流终体积设定为110L,透过端液体为990L,其他参数包括膜面积和流速。
用于mRNA纯化的层析类型包括亲和色谱、疏水层析、离子交换层析、基于纤维素层析(去除dsRNA)以及复合层析等。目前oligo dT亲和层析是mRNA的主流纯化工艺,特异性结合带polyA尾巴的RNA。高盐浓度可以抑制携带负电荷的配体-RNA之间的排斥作用,促进RNA与柱子的结合。将盐浓度降低后,恢复柱子配体-RNA之间的负电荷之间的排斥作用,将RNA洗脱下来。
最后一步的TFF(切向流过滤)目的也是换液,去除层析缓冲液中的盐离子,同时对mRNA进行浓缩,使其达到符合要求的浓度标准。
图5: TFF(切向流过滤)系统
1.3 除菌过滤
除菌过滤是mRNA原液生产的最后一步。mRNA是一种生物活性物质,首选除菌方案是0.22μm滤膜过滤,去除细菌等微生物的同时保持mRNA的生物活性。除菌过滤后的mRNA原液处于无菌状态,利于mRNA原液稳定储存,用于随后的LNP包封工艺。
脂质纳米颗粒(LNP, lipid nanoparticle)是临床上最前沿的mRNA递送系统。截至目前,多数正在研发或获批临床的SARS-CoV-2 mRNA疫苗采用了LNP递送系统、或基于LNP的改良系统。LNP作为mRNA的递送载体有以下优点:制剂简单、模块化、生物相容性好,且具有较大的mRNA有效载荷容量。
在微流控技术下,一定配比的脂质组分和mRNA混合形成纳米颗粒药物。具体的生产工艺单元包括:配液、微流控包封、超滤换液、除菌过滤与无菌灌装。
除活性物质mRNA外,LNP通常包括四种脂质:可电离脂质(ionizable lipid)、胆固醇(cholesterol)、辅助磷脂(helper phospholipid)和聚乙二醇化脂质(PEGylated lipid)。
各脂质组分的功能介绍如下:可电离脂质体在生理pH下是中性的,在酸性条件下与mRNA形成纳米颗粒,脂质体带正电荷并吸引RNA。且在酸性环境下带正电荷,促进与细胞膜间的融合,并释放至细胞质。胆固醇通过填充脂质之间的空隙来增强纳米颗粒的稳定性,细胞吸收时有助于与内体膜融合。辅助性脂质通过促进脂质相变来调节纳米颗粒的流动性并增强疗效,有助于膜与核内物质的融合。聚乙二醇化脂质由聚乙二醇(PEG)与锚定脂质(如DMPE或DMG)结合而成。亲水性PEG稳定LNP,通过限制脂质融合调节纳米颗粒大小,并通过减少与巨噬细胞的非特异性相互作用增加纳米颗粒的半衰期。
配液操作是对包封料液的预处理,涵盖水相和有机相。将mRNA溶解在某种缓冲液中,得到水相;将各个脂质组分混合溶解在乙醇中,得到有机相。
这一工艺单元涉及的参数如下:mRNA浓度、缓冲液组分、缓冲液pH、各脂质成分及比例、脂质浓度。以上参数需根据氮磷比、包封效率进行合理设计和优化。
微流控设备的工作原理为:将水相和有机相分别泵入制备系统的两个入口通道,在特定管路位置两相混合,mRNA被包封在LNP中,以单股流出。微流控设备会精确地控制两相的流速,来控制LNP的包封率、粒径、电荷等质量。
LNP包封操作单元涉及的参数包括:水相/有机相比例、水相流速、有机相流速。

图6: 微流控技术生产LNP-mRNA
随后一步的超滤换液可通过切向流过滤(TFF)实现,去除包封过程的有机溶剂等物质,同时对LNP-mRNA进行浓缩,并置换到特定处方缓冲液中,稳定储存。
这一单元的相关参数包含处方组成和工艺参数。处方组成包括缓冲液的组分、pH、保护剂成分和浓度等。TFF工艺参数包括切向流速、跨膜压(TMP)、滤液通量、剪切力等。
除菌过滤与无菌灌装是LNP-mRNA成品生产的最后一步,涵盖LNP-mRNA、及包材/工器具、注射用水与压缩空气的无菌处理。
溶解在目标处方中的LNP-mRNA经0.22μm滤膜过滤除菌,保持mRNA的生物活性。LNP-mRNA除菌过滤工序在符合GMP规范的C级洁净区完成。设备采用CIP/SIP系统进行清洗和灭菌,过滤系统使用前后进行在线完整性测试。
包材/工器具在自动化设备中清洗、干热/湿热或VHP灭菌,注射用水和压缩空气经0.22μm滤器过滤除菌。
药品及包材除菌后,经O-rabs系统 (可操作限制进入隔离系统) 进入A级洁净区,完成无菌灌装。
为解决疫苗、核酸药物、蛋白药物、抗体药等生物制品的无菌生产需求,耀海建立了符合GMP规范的无菌制剂生产车间,涵盖西林瓶、预灌封、卡式瓶等。耀海车间无菌灌装区域配置了在线悬浮粒子和沉降菌监测系统,采用臭氧和VHP进行消毒,灌装系统采用CIP/SIP进行清洗和灭菌,全方位避免人为干扰。详情可咨询:13380332910(微信同号)。
三、结论
mRNA工艺路线的不断升级成熟,无疑推动了各类mRNA疫苗/药物的开发进程,深刻地影响生物医药领域的格局。
平台性的mRNA原液和LNP-mRNA成品生产工艺包括mRNA 原液单元:体外转录(IVT)、mRNA 纯化、除菌过滤,和mRNA-LNP制剂生产工艺:mRNA与脂质配液、微流控包封、超滤换液、除菌过滤与无菌灌装。
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参考文献
[4] Kang DD, Li H, Dong Y. Advancements of in vitro transcribed mRNA (IVT mRNA) to enable translation into the clinics. Adv Drug Deliv Rev. 2023 Aug;199:114961. doi: 10.1016/j.addr.2023.114961
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