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【耀文解读】mRNA大规模生产工艺:mRNA原液与mRNA-LNP成品

耀文 mRNA-LNP
2024/09/05
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注:本文不构成任何投资意见和建议,以官方/公司公告为准;本文仅作医疗健康相关药物介绍,非治疗方案推荐(若涉及),不代表耀海生物立场。任何文章转载需得到授权。

上篇文章中我们对mRNA的序列进行了深度的解析,包括mRNA的组成元件:5'帽结构(Cap)、5'非翻译区(UTR)、编码区(CDS)、3'非翻译区(UTR)和poly(A)尾巴。同时,我们汇总了通用的mRNA序列优化策略,以获得结构稳定、翻译效率高的mRNA序列。点击链接即可查看详情:【耀文解读】深度解析mRNA序列元件:Cap, CDS, UTR, polyA

我们得到一条或多条精心设计的mRNA序列后,应该如何获得大批量的mRNA呢?今天的文章,菌菌将参考已上市的新冠mRNA疫苗,汇总mRNA的大规模生产工艺,涵盖mRNA原液与LNP-mRNA成品制备的各个工艺单元。

mRNA 原液生产工艺大致可分为 3个单元:体外转录(IVT)、mRNA 纯化、除菌过滤。

mRNA-LNP制剂生产工艺大致可分为4个单元:mRNA与脂质配液、微流控包封、超滤换液、除菌过滤与无菌灌装。

图1: mRNA生产路线图

一、mRNA原液生产

1.1 体外转录(IVT)

以线性化质粒为模板,通过体外转录(IVT)能够高效合成1~10 kb长度的mRNA。出于高特异性和转录活性的考虑,mRNA工艺生产中最常用的RNA聚合酶是源自T7噬菌体的RNA聚合酶。RNA聚合酶来源除T7噬菌体外,还有T3噬菌体和SP6噬菌体。不同来源、不同类型的RNA聚合酶识别的启动子序列是不同的。T7 RNA聚合酶识别T7启动子序列,启动转录反应。最广泛使用的T7启动子序列为TAATACGACTCACTATA。质粒序列设计时,mRNA的5’端序列5'UTR位于T7启动子序列后面。

IVT反应体系通常由转录缓冲液线性化质粒模板4种类型的三磷酸核糖核苷酸(含修饰核苷酸)RNA聚合酶焦磷酸酶RNase抑制剂组成。共转录加帽策略中,还需在IVT体系中添加帽类似物。转录缓冲液包含Tris-HCL缓冲液、醋酸镁、二硫苏糖醇(DTT)、亚精胺以及Triton-X100等组分。

IVT工艺需考察的一个重要指标是mRNA的产量。不同成分及其浓度可能影响mRNA的产量,过低或者过高的镁离子浓度会抑制 mRNA 的合成。类似地,IVT 体系中过高或者过低的 NTP 也会严重抑制 mRNA 生成。有研究报道,组合优化NTPs浓度和镁离子浓度,可以得到较高的mRNA产量。一般情况下,在一定的浓度范围内,随着质粒模板量的增加,特定时间点的mRNA 产量有所增加。但是,质粒浓度增加并不会提升 mRNA 的终产量,只是会加快 mRNA的合成速率。造成以上现象的原因是,mRNA的合成是以质粒作为模板,模板含量决定了特定时间内的 mRNA 产量,但不会影响无限合成时间内的mRNA终产量。

除产量外,IVT反应另一个考量要点是dsRNA残留。dsRNA是一种免疫原性物质,会触发先天性免疫反应。理论上来说,IVT反应产物中dsRNA可通过两种机制形成:一种称为顺式作用,RNA分子自身序列的对应部分互补配对启动转录,另一种称为反式作用,不同RNA分子间互补配对启动转录。有研究通过分析dsRNA序列特征,发现IVT产物中存在的长链RNA主要是通过顺式作用启动转录的,超出预期大小的片段序列回折,与上游序列互补配对。有研究尝试优化IVT反应体系减少dsRNA形成,一方面可通过优化IVT反应缓冲液配方,尤其是镁离子浓度,来降低dsRNA的产生;另外一种是使用耐高温的T7 RNA聚合酶,例如,NEB开发的耐高温T7 RNA聚合酶,在高温50℃条件下合成的IVT产物中dsRNA含量明显下降。

图2: IVT过程dsRNA形成的2种机制

因此,在工艺开发时,我们需针对IVT体系进行合理的工艺摸索,对IVT体系中各个组分的浓度进行优化,以实现最佳的产量和纯度。耀海生物基于DoE和QbD理念,能够定制化开发与优化mRNA转录体系,快速地获得不同长度mRNA产量或纯度的最优解。详情可咨询菌菌:13380332910(微信同号)

从生产方式来说,IVT工艺可以分为批次生产和补料生产。当NTPs消耗到一定程度时,补加NTPs和镁离子,能够显著提升 IVT 产量至 10mg/ml,这种生产方式称为补料分批(fed-batch)。补料分批最大的优势在于能够提升 T7 RNA 聚合酶和质粒模板的利用率,显著增加单批次中的 mRNA 产量。所谓分批生产,就是在开始的时候加入全部的IVT原料,一定时间后结束反应。分批生产的特点是随着IVT反应的进行,NTPs原料逐渐消耗殆尽,无法持续性生产 mRNA,对T7 RNA聚合酶和质粒模板的利用率较补料分批低。

分批生产或者补料分批生产时,IVT反应需在生物反应器中进行,根据实际生产的体积可选择不同类型的反应器。现有的生物反应器有不锈钢生物反应器和一次性生物反应器,具有不同的优劣势。

图3: 用于IVT的不锈钢反应器和一次性反应器

1.2 mRNA纯化

mRNA纯化即去除IVT反应液中的杂质,得到一定纯度的mRNA原液。

首先我们了解下mRNA生产过程中的杂质,以助于设计合理的纯化策略。mRNA生产过程中的杂质来源包括工艺相关残留和产品相关残留。工艺相关残留指在IVT合成初始至反应结束时未消耗的物料,比如质粒模板、转录反应缓冲液成份、酶、核苷酸等。产物相关杂质是IVT过程中除mRNA以外的其他副产物,比如流产的短链RNA,dsRNA,RNA降解片段等。

 

图4: IVT反应液中的工艺相关残留和产品相关残留

基于mRNA产物与反应液中各种残留物质的理化性质差异,比如电荷性、分子量、疏水性等设计纯化方案,以去除目标杂质,即可得到高纯度的mRNA。在目前已经公开的方法中,IVT反应后添加DNase去除DNA,后续的常规工艺路线为:TFF1+层析纯化+TFF2。

第一次进行切向流过滤(TFF)的目的是换液,将mRNA从IVT反应液中置换到目标缓冲液中,例如纯水。这一过程我们选择适当的中空纤维孔径截留mRNA分子,酶、缓冲液成分、核苷酸、帽类似物等成分流穿。有专利建议,选择纯水稀释倍数为10。也就是说,如果IVT反应液体外为110L,那么需要用纯水将其稀释到1100L,再将其回流终体积设定为110L,透过端液体为990L,其他参数包括膜面积和流速。

用于mRNA纯化的层析类型包括亲和色谱、疏水层析、离子交换层析、基于纤维素层析(去除dsRNA)以及复合层析等。目前oligo dT亲和层析是mRNA的主流纯化工艺,特异性结合带polyA尾巴的RNA。高盐浓度可以抑制携带负电荷的配体-RNA之间的排斥作用,促进RNA与柱子的结合。将盐浓度降低后,恢复柱子配体-RNA之间的负电荷之间的排斥作用,将RNA洗脱下来。

最后一步的TFF(切向流过滤)目的也是换液,去除层析缓冲液中的盐离子,同时对mRNA进行浓缩,使其达到符合要求的浓度标准。

 

图5: TFF(切向流过滤)系统

1.3 除菌过滤

除菌过滤是mRNA原液生产的最后一步。mRNA是一种生物活性物质,首选除菌方案是0.22μm滤膜过滤,去除细菌等微生物的同时保持mRNA的生物活性。除菌过滤后的mRNA原液处于无菌状态,利于mRNA原液稳定储存,用于随后的LNP包封工艺。

二、mRNA-LNP制剂生产

脂质纳米颗粒(LNP, lipid nanoparticle)是临床上最前沿的mRNA递送系统。截至目前,多数正在研发或获批临床的SARS-CoV-2 mRNA疫苗采用了LNP递送系统、或基于LNP的改良系统。LNP作为mRNA的递送载体有以下优点:制剂简单、模块化、生物相容性好,且具有较大的mRNA有效载荷容量。

在微流控技术下,一定配比的脂质组分和mRNA混合形成纳米颗粒药物。具体的生产工艺单元包括:配液、微流控包封、超滤换液、除菌过滤与无菌灌装。

2.1 配液

除活性物质mRNA外,LNP通常包括四种脂质:可电离脂质(ionizable lipid)、胆固醇(cholesterol)、辅助磷脂(helper phospholipid)和聚乙二醇化脂质(PEGylated lipid)。

各脂质组分的功能介绍如下:可电离脂质体在生理pH下是中性的,在酸性条件下与mRNA形成纳米颗粒,脂质体带正电荷并吸引RNA。且在酸性环境下带正电荷,促进与细胞膜间的融合,并释放至细胞质。胆固醇通过填充脂质之间的空隙来增强纳米颗粒的稳定性,细胞吸收时有助于与内体膜融合。辅助性脂质通过促进脂质相变来调节纳米颗粒的流动性并增强疗效,有助于膜与核内物质的融合。聚乙二醇化脂质由聚乙二醇(PEG)与锚定脂质(如DMPE或DMG)结合而成。亲水性PEG稳定LNP,通过限制脂质融合调节纳米颗粒大小,并通过减少与巨噬细胞的非特异性相互作用增加纳米颗粒的半衰期。

配液操作是对包封料液的预处理,涵盖水相和有机相。将mRNA溶解在某种缓冲液中,得到水相;将各个脂质组分混合溶解在乙醇中,得到有机相。

这一工艺单元涉及的参数如下:mRNA浓度、缓冲液组分、缓冲液pH、各脂质成分及比例、脂质浓度。以上参数需根据氮磷比、包封效率进行合理设计和优化。

2.2 LNP包封

微流控设备的工作原理为:将水相和有机相分别泵入制备系统的两个入口通道,在特定管路位置两相混合,mRNA被包封在LNP中,以单股流出。微流控设备会精确地控制两相的流速,来控制LNP的包封率、粒径、电荷等质量。

LNP包封操作单元涉及的参数包括:水相/有机相比例、水相流速、有机相流速。

经脂质处方优化和微流控包封工艺开发,耀海平台制备的mRNA-LNP包封率大于90%,粒径可控制在80-100 nm,粒度分布均匀(PDI<0.10),均可达到市面高水平。详情可咨询:13380332910(微信同号)

 

图6: 微流控技术生产LNP-mRNA

2.3 超滤换液

随后一步的超滤换液可通过切向流过滤(TFF)实现,去除包封过程的有机溶剂等物质,同时对LNP-mRNA进行浓缩,并置换到特定处方缓冲液中,稳定储存。

这一单元的相关参数包含处方组成和工艺参数。处方组成包括缓冲液的组分、pH、保护剂成分和浓度等。TFF工艺参数包括切向流速、跨膜压(TMP)、滤液通量、剪切力等。

2.4 除菌过滤与无菌灌装

除菌过滤与无菌灌装是LNP-mRNA成品生产的最后一步,涵盖LNP-mRNA、及包材/工器具、注射用水与压缩空气的无菌处理。

溶解在目标处方中的LNP-mRNA经0.22μm滤膜过滤除菌,保持mRNA的生物活性。LNP-mRNA除菌过滤工序在符合GMP规范的C级洁净区完成。设备采用CIP/SIP系统进行清洗和灭菌,过滤系统使用前后进行在线完整性测试。

包材/工器具在自动化设备中清洗、干热/湿热或VHP灭菌,注射用水和压缩空气经0.22μm滤器过滤除菌。

药品及包材除菌后,经O-rabs系统 (可操作限制进入隔离系统) 进入A级洁净区,完成无菌灌装。

为解决疫苗、核酸药物、蛋白药物、抗体药等生物制品的无菌生产需求,耀海建立了符合GMP规范的无菌制剂生产车间,涵盖西林瓶、预灌封、卡式瓶等。耀海车间无菌灌装区域配置了在线悬浮粒子和沉降菌监测系统,采用臭氧和VHP进行消毒,灌装系统采用CIP/SIP进行清洗和灭菌,全方位避免人为干扰。详情可咨询:13380332910(微信同号)。

三、结论

mRNA工艺路线的不断升级成熟,无疑推动了各类mRNA疫苗/药物的开发进程,深刻地影响生物医药领域的格局。

平台性的mRNA原液和LNP-mRNA成品生产工艺包括mRNA 原液单元:体外转录(IVT)、mRNA 纯化、除菌过滤,和mRNA-LNP制剂生产工艺:mRNA与脂质配液、微流控包封、超滤换液、除菌过滤与无菌灌装。

基于在mRNA制备方面的开创技术和丰富经验,耀海生物可为全球客户提供mRNA一站式制备服务,涵盖mRNA小样制备、工艺开发、分析方法开发、LNP制剂开发、GMP生产。耀海生物还可提供各种预制型mRNA产品,编码蛋白涵盖报告基因、靶点蛋白、基因编辑蛋白和抗原蛋白,包括eGFP、mCHERRY、luciferase、IL-2、Cas9、OVA、新冠S蛋白等,以满足不同的实验或项目需求。详情可咨询:13380332910(微信同号)。

耀海mRNA业务详情: 耀海生物重磅推出mRNA科研级样品定制合成一站式解决方案

参考文献

[1] I.Labarta, S.Hoffman, A.Simpkins, Manufacturing Strategy for the Production of 200 Million Sterile Doses of an mRNA Vaccine for COVID-19. 2021.
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