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首个近完整黄瓜参考基因组发布

中国农业科学院 黄瓜
2024/07/18
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近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。


黄瓜是重要经济作物。黄瓜基因组中有近30%的区域是由核糖体DNA和微卫星等复杂重复序列组成的，这个比例远高于水稻、玉米和西瓜等作物。受测序技术及组装方法的限制，目前广泛使用的华北密刺型黄瓜自交系“9930”参考基因组仍然有大量未知序列和72个缺口，严重影响基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。
该研究首次获得了仅剩1个缺口的黄瓜参考基因组近完成图，构建了接近完整的黄瓜参考转录本数据集，完整度达99.19%，并搭建了第一个黄瓜多组学数据，为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供全面的共享平台。
该研究得到蔬菜生物育种全国重点实验室、国家重点研发计划、中国农业科学院科技创新工程等项目的资助。

来源丨蔬菜所

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