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    蛋白质从头测序（de novo sequencing）案例1：Disitamab单抗的从头测序

    de novo 蛋白质
    07/18
    44
    前言
    Preface
    文 l MS-proteomics   蛋白质从头测序（de novo sequencing）案例分享。


     取Disitamab单抗，酶切去除糖链后分别用Trypsin、Chymotrypsin、Glu-C、Asp-N、pepsin等进行酶切；酶切后的肽样品用nano-LC+Obitrap eclipse进行检测，所得质谱数据如图1；质谱数据经PEAKS AB和Casanovo分析后组装成最后的蛋白序列，如图2和3。

    图1.

    图2.
    图3.
           将de novo测序获得的肽序列进行拼装得到抗体蛋白重链和轻链序列，与KEGG drug数据库中公开的Disitamab的重链和轻链序列进行比对，100%一致。通过de novo测序获得的重链序列，共包括445个氨基酸，其中超过93%的氨基酸的Fragment ion confidence > 95%。全部氨基酸均被10个以上肽谱匹配覆盖。I/L的区分均有d-ion或w-ion证据支持。
    图4
           此外，在de novo测序获得的肽序列中还包含有多种翻译后修饰的信息，如图5所示，包括了抗体重链N端Glu/Gln的环化修饰（pyroGlu）、Met/Trp氧化修饰以及Asn/Gln脱氨基修饰等与抗体类药物关键质量属性相关的关键性修饰信息。
    图5.


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